Την αντίδραση του Υπουργείου Παιδείας προκάλεσε η ανακοίνωση της Ιεράς Συνόδου για τα θρησκευτικά και την απόφαση για παράταση του διαλόγου με βάση την απόφαση του Συμβουλίου της Επικρατείας.

Οπως αναφέρει ανακοίνωση του υπουργείου: «Με αφορμή το σημερινό Δελτίο Τύπου της Διαρκούς Ιεράς Συνόδου, το Υπουργείο Παιδείας, Έρευνας και Θρησκευμάτων διευκρινίζει ότι ο υπουργός στη χθεσινή συνάντηση κατέστησε σαφές ότι η απόφαση 660/2018 του ΣτΕ δεν αφορά τα ισχύοντα Προγράμματα Σπουδών του Μαθήματος των Θρησκευτικών και φυσικά, δεν έχει καμία απολύτως σχέση με τους «Φακέλους Μαθητή», για τα οποία Εκκλησία και Πολιτεία συνεχίζουν τον διάλογο σύμφωνα με τα συμφωνηθέντα του 2016″.
Νωρίτερα, η Ιερά Σύνοδος είχε ανακοινώσει ότι συνεχίζεται ο διάλογος με το υπουργείο Παιδείας για την διόρθωση του περιεχομένου των «Φακέλων του Μαθητού» του μαθήματος των Θρησκευτικών , με συνεκτίμηση των κρίσεων της 660/2018 αποφάσεως του Συμβουλίου της Επικρατείας. Για τον λόγο αυτό παρατείνεται ο χρόνος έκδοσης και τύπωσης των διδακτικών εγχειριδίων του μαθήματος».