Το αναβρύζον εν Αγίω Πνεύματι χάριτες ιερό και θαυματουργό λείψανο της Αγίας μετακομίστηκε από την Χαλκηδόνα στην Βασιλεύουσα Κωνσταντινούπολη πριν από την άλωση αυτής. Μετά την άλωση το Πατριαρχείο μεταφέρθηκε από την Αγία Σοφία στον Ναό των Αγίων Αποστόλων. Εις τον Ναό αυτόν μεταφέρθηκαν και όλα τα ιερά λείψανα και μαζί μ’ αυτά και το ιερό λείψανο της Αγίας Ευφημίας. Από εκεί μεταφέρθηκε και πάλι το λείψανο της Αγίας και το Πατριαρχείο, στη Μονή της Παμμακαρίστου. Από την Μονή της Παμμακαρίστου το Πατριαρχείο μεταφέρθηκε εις το Μοναστήρι του Αγίου Μεγαλομάρτυρος Γεωργίου εις το Φανάρι και μαζί του και το Λείψανο της Αγίας, όπου βρίσκεται μέχρι σήμερα μέσα σε λάρνακα μαζί με τα ιερά Λείψανα των Αγίων Θεοφανούς και Σολομωνής.. Στις 11 Ιουλίου και στις 16 Σεπτεμβρίου το ιερό Λείψανο μεταφέρεται εις τον Σολέα, έναντι του Πατριαρχικού Θρόνου, προς προσκύνηση υπό των Πιστών που συρρέουν από όλη την Πόλη, μαζί τους και πολλοί Τούρκοι, αλλά και από πολλά μέρη της γης για να ασπαστούν το ιερό λείψανο της Αγίας και να λάβουν ίαση ψυχής και σώματος.
Το ιερό άφθαρτο Λείψανο της Αγίας Ευφημίας στον Πάνσεπτο Πατριαρχικό Ναό
