Ο πολύτλας Ιερομάρτυς Κύριλλος ο Λούκαρις γεννήθηκε στον Χάνδακα της Κρήτης στις 13 Νοεμβρίου 1572 μ.Χ. «ἐκ γονέων περιφανῶν ἐλευθέρων, ἔν τε τῇ Πολιτείᾳ καὶ τῇ Ἐκκλησίᾳ περιβλέπτων» και κατά το άγιο Βάπτισμα πήρε το όνομα Κωνσταντίνος. Ο πατέρας του, Στέφανος, ήταν Ιερέας και διδάσκαλός του και υπήρξε ο Ιερομόναχος Μελέτιος ο Βλαστός.
Μετά την εγκύκλια εκπαίδευση ο Κύριλλος μετέβη στη Βενετία (1584 μ.Χ.) για ευρύτερη μόρφωση. Εκεί συνάντησε τον Επίσκοπο Κυθήρων Μάξιμο τον Μαργούνιο, ο οποίος τον ανέλαβε κάτω από την προστασία του και χρημάτισε καθηγητής του. Το 1588 μ.Χ. αναγκάστηκε να επιστρέψει στην Κρήτη, λόγω οικονομικών προβλημάτων της οικογενείας του, αλλά μετά από ένα χρόνο επέστρεψε στην Ιταλία και γράφτηκε στο περίφημο Παταβινό Πανεπιστήμιο, όπου διδάχθηκε Φιλοσοφία και Θεολογία.
Τελειώνοντας τις σπουδές στην Εσπερία επέστρεψε στην Κρήτη (1592 μ.Χ.) και εκάρη Μοναχός στη Μονή της Αγκαράθου. Στη μετάνοιά του παρέμεινε ελάχιστο χρονικό διάστημα, γιατί το επόμενο έτος τον κάλεσε στην Αίγυπτο ο συγγενής του, Άγιος Μελέτιος ο Πηγάς, Πατριάρχης Αλεξανδρείας, ο οποίος τον χειροτόνησε Διάκονο και Πρεσβύτερο και τον ονόμασε Πρωτοσύγκελλό του.
Το έτος 1593 μ.Χ. εστάλη από τον Άγιο Μελέτιο στην Πολωνία για να στηρίξει το από τις επιθέσεις της Ουνίας χειμαζόμενο Ορθόδοξο ποίμνιο. Εκεί εργάστηκε με ζήλο για τρία χρόνια και κινδύνευσε να συλληφθεί και να θανατωθεί κατά τον διωγμό που εξαπέλυσε ο βασιλιάς Σιγισμούνδος εναντίον των Ορθοδόξων. Το 1559 μ.Χ. ως «Μέγας Ἀρχιμανδρίτης καὶ Ἔξαρχος» απεστάλη και πάλι από τον Μελέτιο Πηγά, τότε Επιτηρητή του Οικουμενικού Θρόνου, στην Πολωνία για εκκλησιαστική υπηρεσία. Παράλληλα είχε την εντολή να περάσει από την Κρήτη και τη Χίο για να αντιμετωπίσει την προπαγάνδα των Ιησουϊτών. Από την Πολωνία μετέβη στις Παραδουνάβιες χώρες (1601 μ.Χ.), για να στηρίξει και εκεί την Ορθοδοξία. Ενώ βρισκόταν στο Ιάσιο έλαβε επιστολή του Μελετίου, που τον καλούσε να επανέλθει στην Αλεξάνδρεια για να του αφήσει τις τελευταίες υποθήκες και να του παραδώσει τον Θρόνο.
Μετά την κοίμηση του Αγίου Μελετίου (13-9-1601 μ.Χ.), ο Κύριλλος εξελέγη Πατριάρχης Αλεξανδρείας σε ηλικία 29 ετών. Αμέσως συγκάλεσε τοπική Σύνοδο στο Κάϊρο και καταδίκασε τους Λατίνους, οι οποίοι είχαν προσεταιριστεί τους Κόπτες με σκοπό να καταστρέψουν το Ορθόδοξο Πατριαρχείο. Στις αρχές του 1605 μ.Χ. έφτασε στην Κύπρο, ύστερα από πρόσκληση των Χριστιανών, για να βοηθήσει την τοπική Εκκλησία που σπαρασσόταν από εσωτερικές έριδες και μάχες και κατόρθωσε να ειρηνεύσει τα πράγματα. Το 1608 μ.Χ. μετέβη στα Ιεροσόλυμα, για τη χειροτονία του Ιεροσολύμων Θεοφάνους, και από ‘κει στη Δαμασκό. Επανήλθε στην Αλεξάνδρεια και επιδόθηκε με ζήλο στο κήρυγμα του θείου λόγου. Προχώρησε στη συντήρηση των Πατριαρχικών κτηρίων και Ναών και οικοδόμησε νέους, ενώ παράλληλα φρόντισε να απαλλάξει το Πατριαρχείο από τα χρέη του.
Το Φεβρουάριο του 1612 μ.Χ., ενώ βρισκόταν στην Κωνσταντινούπολη, εξελέγη «Επιτηρητής» του Οικουμενικού Θρόνου, αλλά παραιτήθηκε, επειδή κάποιοι Αρχιερείς φατρίασαν εναντίον του προκαλώντας μεγάλη σύγχυση στην Εκκλησία. Αναχώρησε για το Άγιο Όρος και από εκεί για τη Βλαχία, όπου παρέμεινε τέσσερα χρόνια, διδάσκοντας τον λαό και αγωνιζόμενος κατά της Ουνίας. Πριν την αναχώρησή του από τη Βλαχία εξέδωσε εγκύκλιο (Τόμο) προς τους Ορθοδόξους, με την οποία καταδικάζει τη διδασκαλία των Λατίνων, ελέγχει τους λατινόφρονες Έλληνες τροφίμους της Σχολής του Αγίου Αθανασίου της Ρώμης και συνιστά την απαρασάλευτη εμμονή στην Ορθόδοξη πίστη ως τον μοναδικό τρόπο άμυνας κατά των εχθρών της ευσεβείας.
Για να διαφωτίσει το Ορθόδοξο πλήρωμα, συνέγραψε σε απλή γλώσσα δύο πραγματείες, μία κατά της Αρχής, δηλαδή κατά του πρωτείου του Πάπα Ρώμης, και μία άλλη σε μορφή διαλόγου μεταξύ Φιλαλήθους και Ζηλωτού, με την οποία εξέθεσε τις σατανικές μεθόδους που χρησιμοποιούσαν οι Ιησουΐτες για να προσηλυτίσουν τους Ορθοδόξους.
Φεύγοντας από τη Βλαχία, επισκέφτηκε πάλι το Άγιο Όρος, και τον Οκτώβριο του 1615 μ.Χ. επέστρεψε στην Αίγυπτο, όπου παρέμεινε, μέχρι την εκλογή του στον Οικουμενικό Θρόνο, ασχολούμενος με το κήρυγμα και την κατήχηση του λαού, αφού στο μεταξύ, χάρη στις άοκνες προσπάθειές του, είχαν εκλείψει τα μεγάλα προβλήματα που ταλαιπωρούσαν τον Αλεξανδρινό Θρόνο.
Μετά τον θάνατο του Πατριάρχου Τιμοθέου του Β’, η Σύνοδος του Πατριαρχείου της Κωνσταντινοπόλεως τον εξέλεξε Οικουμενικό Πατριάρχη (4-11-1620 μ.Χ.), αλλά μετά από δυόμιση χρόνια απομακρύνθηκε από τον Θρόνο (Απρίλιος 1623 μ.Χ.), κατηγορούμενος ότι προετοίμαζε επανάσταση των ελληνικών νησιών, και σιδηροδέσμιος εξορίστηκε στη Ρόδο. Ο νέος Πατριάρχης Άνθιμος έστειλε εκεί Αρχιερείς με σκοπό να τον πείσουν να υποβάλει κανονική παραίτηση. Εκείνος όμως απέρριψε την πρόταση και, με διαταγή του Μεγάλου Βεζύρη, επέστρεψε στη Βασιλεύουσα (Σεπτέμβριος 1623 μ.Χ.), όπου έγινε θριαμβευτικά δεκτός από τους Χριστιανούς. Πολλοί κατέφθαναν στον Γαλατά, όπου διέμενε, για να πάρουν την ευλογία του, ενώ οι Αρχιερείς, οι πρόκριτοι και ο λαός ζητούσαν επίμονα την επάνοδό του στον Θρόνο. Ο Πατριάρχης Άνθιμος αναγκάστηκε να παραιτηθεί και στον Θρόνο επανήλθε ο Κύριλλος (2-10-1623 μ.Χ.). Η αποκατάστασή του έγινε αφορμή γενικής χαράς των Ορθοδόξων, οι οποίοι στο πρόσωπό του έβλεπαν τον γνήσιο και αληθινό ποιμένα και Πατριάρχη τους.
Οι πολέμιοι του Πατριάρχου βρήκαν πειθήνιο όργανό τους τον Βεροίας Κύριλλο Κονταρή, ο οποίος εγκαταστάθηκε στην Πόλη (1632 μ.Χ.) και άρχισε να συκοφαντεί τον Πατριάρχη, διαδίδοντας στους κυβερνητικούς κύκλους ότι βρισκόταν σε μυστική επικοινωνία με τους εχθρούς της Υψηλής Πύλης και ότι συνωμοτούσε εναντίον της. Οι συκοφαντίες έγιναν αποδεκτές, ο Πατριάρχης απομακρύνθηκε αλλά, λόγω της γενικής αγανακτήσεως, μετά από επτά ημέρες επανήλθε στον Θρόνο. Παρά ταύτα οι πολέμιοί του δεν έπαυσαν ούτε στιγμή να εργάζονται για την απομάκρυνσή του. Καταβάλλοντας μεγάλα χρηματικά ποσά στους Τούρκους, κατόρθωσαν να τον εξορίσουν στην Τένεδο (7-5-1634 μ.Χ.) και να ανεβάσουν στον Θρόνο τον Θεσσαλονίκης Αθανάσιο Πατελλάρο. Η παρανομία όμως δεν είχε μεγάλη διάρκεια, γιατί μετά ένα μήνα απομακρύνθηκε ο Αθανάσιος και ο Κύριλλος επανήλθε θριαμβευτικά στον Θρόνο.
Οι συνεχείς αποτυχίες να απομακρυνθεί ο Πατριάρχης Κύριλλος και να εγκατασταθεί άλλος της αρεσκείας τους δεν απογοήτευσαν τους εχθρούς του. Αντίθετα τούς έκαναν σκληρότερους στην πολεμική τους και εφευρετικότερους στις μεθοδεύσεις τους. Πάλι, (Μάρτιος 1635 μ.Χ.), οι Ιησουΐτες κινήθηκαν εναντίον του και, δίνοντας άφθονα χρήματα, κατόρθωσαν να επιτύχουν την απομάκρυνσή του και την άνοδο στο Θρόνο του Κονταρή, ο οποίος συνέλαβε και περιόρισε τον γέροντα πλέον Πατριάρχη.
Σύμφωνα με έγγραφο του Αυστριακού Πρεσβευτή Schmidt, ο Κονταρής και η συμμορία του σκεφτόταν να τυφλώσουν ή να δηλητηριάσουν τον Κύριλλο. Ο Schmidt σκέφτηκε να τον κρατήσει φυλακισμένο στην αυστριακή πρεσβεία, αλλά φοβήθηκε μήπως οι φωνές του τραβήξουν την προσοχή των Ελλήνων γειτόνων. Με πρόταση του πρεσβευτή αποφασίστηκε να ακολουθήσουν τις αποφάσεις του Συμβουλίου της ρωμαϊκής Προπαγάνδας για τον Πατριάρχη και να ναυλωθεί πλοίο με έμπιστο πλήρωμα, στο οποίο θα επιβιβαζόταν για να μεταφερθεί δήθεν εξόριστος στη Ρόδο. Ο πλοίαρχος είχε εντολή να προσεγγίσει το πρώτο πειρατικό πλοίο που θα συναντούσε, και επί τη βάσει εγγράφων της αυστριακής πρεσβείας θα παρέδιδε τον Κύριλλο για να μεταφερθεί στη Μάλτα. Στην Κωνσταντινούπολη θα κυκλοφορούσε η φήμη ότι Μελιταίοι αιχμαλώτισαν το πλοίο, στο οποίο επέβαινε ο Πατριάρχης, και ότι τον μετέφεραν στο νησί τους.
Ύστερα από πολλές διαπραγματεύσεις και αναβολές, βρέθηκε το πλοίο και το πλήρωμα και δόθηκαν τα έγγραφα της αυστριακής Πρεσβείας στον Μητροπολίτη, ο οποίος θα συνόδευε τον αιχμάλωτο Πατριάρχη, αλλά η ολλανδική Πρεσβεία κατόρθωσε με κατάσκοπο να μάθει τα τεκταινόμενα. Το πλήρωμα εξαγοράστηκε και οδήγησε το πλοίο στη Χίο, όπου βρισκόταν ο διοικητής της Ρόδου, Μπεκήρ Πασάς, φίλος του Πατριάρχου, ο οποίος τον πήρε υπό την προστασία του στη Ρόδο, όπου και παρέμεινε μέχρι τα μέσα του 1636 μ.Χ., οπότε και επέστρεψε στην Κωνσταντινούπολη. Επανήλθε στον Θρόνο τον Μάρτιο του 1637 μ.Χ.. Βρισκόταν ήδη σε προχωρημένη ηλικία και μπορούσαν οι πολέμιοί του να περιμένουν τον φυσικό θάνατό του για να εφαρμόσουν τα σχέδιά τους. Επειδή όμως αυτός εξακολουθούσε να αγωνίζεται υπέρ της Ορθοδοξίας, οι Ιησουΐτες πείστηκαν ότι ήταν ακατάβλητος «ὁ μέγας γέρων» και γι’ αυτό αποφασίστηκε να επιδιωχθεί με κάθε μέσο ο θάνατός του.
Νέες ενέργειες των εχθρών του απέδωσαν το αποτέλεσμα που προσδοκούσαν. Τον Ιούνιο του 1638 μ.Χ. ο Schmidt που βρισκόταν σε διαρκή συνεννόηση με την Προπαγάνδα, κατόρθωσε να απομακρύνει τον Κύριλλο από τον Θρόνο προβάλλοντας την κατηγορία στις τουρκικές αρχές ότι προετοιμάζει επίθεση των Ρώσων κατά της Κωνσταντινουπόλεως και επανάσταση των Ελλήνων. Ο Σουλτάνος Μουράτ που βρισκόταν στην εκστρατεία κατά της Βαγδάτης, αποδέχθηκε τις κατηγορίες και με την εισήγηση του Μεγάλου Βεζύρη, Μπαϊράμ πασά, διέταξε να τον θανατώσουν.
Ο Κύριλλος συνελήφθη από απόσπασμα τσαούσηδων (χωροφυλάκων) στις 22 Ιουνίου και φυλακίστηκε στο φρούριο Ρούμελη Χισσάρ, όπου στις 27 Ιουνίου 1638 μ.Χ. έφτασαν 15 Γενίτσαροι και άλλοι ανώτεροι κρατικοί υπάλληλοι. Τον παρέλαβαν και, επιβιβάζοντάς τον σε ένα πλοιάριο, τον μετέφεραν στην παραλία του Αγίου Στεφάνου, όπου τον θανάτωσαν με στραγγαλισμό. Ο λαός πληροφορήθηκε την επομένη ημέρα τον θάνατό του και εξεγέρθηκε εναντίον του Κονταρή, ο οποίος όμως προσποιήθηκε ότι δεν είχε γνώση των πραγμάτων. Το σώμα του τάφηκε πρόχειρα στην άμμο του αιγιαλού, αλλά μετά τρεις μέρες άνθρωποι του Κονταρή το ξέθαψαν και το πέταξαν στη θάλασσα για να μη βρεθεί από τους Χριστιανούς. Βρέθηκε όμως από κάποιους αλιείς ή, σύμφωνα με άλλους, από Χριστιανούς που το αναζήτησαν, και μεταφέρθηκε κρυφά και ενταφιάστηκε στη Μονή του Αγίου Ανδρέα, στην ομώνυμη νησίδα του κόλπου της Νικομήδειας.
Μετά από τρία χρόνια, το 1641 μ.Χ., ο Οικουμενικός Πατριάρχης Παρθένιος ο Α’ ο Γέρων (1639 – 1644 μ.Χ.) μερίμνησε για την ανακομιδή και μεταφορά των λειψάνων του στο Πατριαρχείο και, αφού «ἔψαλλεν αὐτά», έδωσε εντολή να μεταφερθούν στη Μονή Καμαριωτίσσης της Χάλκης και να τοποθετηθούν στο ιερό Βήμα του Καθολικού της Μονής, κάτω από την αγία Τράπεζα. Από εκεί μετακομίστηκαν στο Πατριαρχικό Σκευοφυλάκιο και το 1975 μ.Χ. αποδόθηκαν στην Ιερά Μονή Αγκαράθου, όπου φυλάσσονται σήμερα.
Ο Ιερομάρτυς Πατριάρχης Κύριλλος αμέσως μετά τον μαρτυρικό θάνατό του τιμήθηκε ως Άγιος και Μάρτυς, ο δε Όσιος Ευγένιος ο Αιτωλός συνέταξε και Ακολουθία για να εορτάζεται η μνήμη του. Η επίσημη Αγιοκατάταξή του έγινε από την Ιερά Σύνοδο του Πατριαρχείου Αλεξανδρείας την 6η Οκτωβρίου 2009 μ.Χ..
Απολυτίκιο
«Τὸν φωστῆρα τῆς Κρήτης, ᾿Αγκαράθου τὸν ὄρπηκα, τῆς Ἀλεξανδρείας ποιμένα, Βυζαντίου τὸν πρόεδρον, τὸν θεῖον δεῦτε Κύριλλον πιστοί, ὡς πρόμαχον τῆς πίστεως στεῤῥόν, καὶ Μαρτύρων θεοδόξαστον κοινωνόν, τιμήσωμεν ἐκβοῶντες· Δόξα τῷ δεδωκότι σοι ἰσχύν, δόξα τῷ σὲ θαυμαστώσαντι, δόξα τῷ ἐν ὑψίστοις εὐκλεῶς, δοξάσαντί σε ῞Αγιε».